Я использую ER и диаграммы классов на бумаге и электронной доске для любого проекта, это больше, чем сценарий оболочки.
Блок-схемы, только когда я должен объяснить процесс непрограммисту (или если это - действительно сложный процесс и я должен понять это сначала).
Мой старый босс раньше заявлял, что "парень просто любит тянуть материал".
Взгляните на код подключаемого модуля Google Sitemap Generator для Wordpress. Многие люди используют это, и кажется, что это недостаточно замедляет работу, чтобы заметить это. Какую бы методологию они ни использовали, она должна быть хорошей отправной точкой.