К моему знанию, когда-то метод был переопределен тогда, Вы не можете назвать родительский метод.
Единственное решение, которое я нашел до сих пор, -
rect.localToScene(rect.layoutBounds.minX, rect.layoutBounds.minY) // a Point2D{x:Float y:Float} object
Что мне не кажется «лучший» способ сделать это (обратите внимание, что эта функция не привязана). Тем не менее он работает для JavaFX 1.2.