Любой цикл использования, считающий в обратном порядке по индексам:
for (NSInteger i = array.count - 1; i >= 0; --i) {
или делают копию с объектами, которые Вы хотите сохранить.
, В частности, не используйте for (id object in array)
цикл или NSEnumerator
.
Попробуйте выполнить «обновление» в этой папке и посмотреть, не был ли файл на самом деле удален из Subversion.