Какова цель Командующего Intellij?

http://jetbrains.net/devnet/docs/DOC-17 :

Двухпанельная парадигма командующего представляет собой способ представления иерархии, которая обеспечивает следующие преимущества при работе с элементами проекта:

1. В отличие от представлений в древовидном режиме, Commander всегда показывает только один уровень иерархии, что довольно удобно во многих ситуациях (например, когда вы постоянно работаете только с одним пакетом и не хотите или просто не нуждаетесь в нем). просмотреть все дерево иерархии)
2. Он обеспечивает очень удобный интерфейс для копирования и перемещения пакетов / классов (т. е. при использовании операций копирования / перемещения на одной из двух панелей место назначения автоматически предлагается в соответствии с текущим развернутым местоположением на противоположной панели). Для получения подробной информации об операциях, доступных из Commander, просмотрите всплывающие меню, которые появляются при щелчке правой кнопкой мыши по различным узлам в дереве командования. Эти меню зависят от контекста и позволяют выполнять различные операции с элементами разных типов.

Если вы им не пользуетесь, вы всегда можете отключить плагин Commander в Настройках | Плагины.