Git не удаляет файлы при переключении ветки

Иногда при переключении веток с помощью Git (версия 1.7.2.1) похоже, он не удаляет файлы / каталоги, которые я создал для ветки, из которой я переключился. Он также не указывает его как неотслеживаемый при запуске git status или каких-либо записей журнала для этих файлов.

Это происходит только иногда, и я не уверен, почему и как его сбросить, чтобы файлы, не принадлежащие текущая ветка удаляется. Если я удалю файлы вручную, они снова синхронизируются (например, удаляются / восстанавливаются при переключении ветки).

Кто-нибудь сталкивался с этим?