Привязка объекта к ссылке не клонирует ваш объект. Ссылки похожи на указатели. Они указывают на объект, и когда операции вызывается, это делается на объекте, указанном указателем. В вашем примере s1 и s2 указывают на один и тот же объект, а сеттеры изменяют состояние одного и того же объекта, а изменения видны через ссылки.
Это безобидно и может быть проигнорировано.
Причина предупреждения - это то, что он говорит: LAPACK по умолчанию, который идет на macOS, немного стар, а SciPy работает с ошибкой.
Попробуйте выполнить приведенный ниже код, чтобы исправить проблему:
import warnings
warnings.filterwarnings(action="ignore", module="scipy", message="^internal gelsd")