Импорт с использованием 2 полей в качестве поля идентификатора

К сожалению, fs.readdir не имеет возможности указать, что вы ищете файлы, а не папки / каталоги (для каждого документа). Фильтрация результатов из fs.readdir для выбивания каталогов - лучший выбор.

https://nodejs.org/dist/latest-v10.x/docs/api/fs.html #fs_fs_readdir_path_options_callback

Необязательный аргумент options может быть строкой, определяющей кодировку, или объектом со свойством encoding, определяющим кодировку символов, используемую для имен файлов, переданных в обратный вызов. Если для параметра encoding установлено значение 'buffer', возвращенные имена файлов будут переданы как объекты Buffer.