NA генерируются при подстановке данных в R

Я бы предположил, что лучше использовать ajax и загрузить элемент svg с другой страницы.

$('.container').load(href + ' .svg_element');

Где href - расположение страницы с помощью svg. Таким образом, вы можете избежать любых неудобных эффектов, которые могут возникнуть при замене содержимого html. Кроме того, не забудьте развернуть svg после его загрузки:

$('.svg_element').unwrap();