Upgrading from Eclipse Galileo to Helios

Самый верный путь к обновлению - сделать "параллельную" установку: Helios Eclipse рядом с Galileo, который у вас уже есть.

Что касается ваших настроек, вам просто нужно ссылаться на одно и то же рабочее пространство.
eclipse.ini, укажите, где находится ваше рабочее пространство, и вы получите все ваши проекты, рабочие пространства и перспективы такими, какими вы их оставили.

С плагинами сложнее, и я бы рекомендовал:

• добавить в eclipse.ini ссылку на общий каталог dropins
• скопировать дополнительные плагины из вашей установки Galileo в этот общий каталог dropins.
  Как копировать плагины между двумя эклипсами

В вашем пути shared dropins будет:

   my-eclipse-galileo-plugins
     eclipse
       features
       plugins

и вы скопируете все дополнительные плагины и функции, добавленные с момента установки вашего экземпляра Eclipse Galileo:

   /path/to/galileo
     eclipse
       features
       plugins