Как я генерирую сборку конечных версий своего Приложения Flex
через Идею IntelliJ как я делаю в Разработчике Flex?
Единственная проблема заключается в том, что вам нужно хранить отдельные файлы проекта для отладки и сборки выпуска, но это нормально, так как выпускные сборки выполняются редко.
Поддерживает ли IntelliJ Ant? Возможно, это не тот ответ, который вы ищете, но вы можете использовать Flex Ant Tasks для сборки вне FB.
http://livedocs.adobe.com/flex/3/html/help.html?content=anttasks_1.html