Добавление условного оператора IF внутри запроса

Это зависит от языка, но должен быть модификатор, который вы можете добавить к шаблону регулярного выражения. В PHP это:

/(.*)<FooBar>/s

. S в конце заставляет точку соответствовать всем символам, включая символы новой строки.