У меня проблема, когда когда я отлаживаю (F5) разрабатываемое приложение Compact Framework, и VS начинает развертывание проектов, оно всегда также развертывает библиотеки SQL Compact 3.5.
Проблема очень похож на Visual Studio 2008: не развертывайте SQL Server Compact 3.5 при отладке , за исключением того факта, что это происходит не на устройстве Windows CE, а скорее в эмуляторе WM 6.
Я пробовал поднять целевую платформу до WM 6.0 Professional и установить необходимые библиотеки SQL Compact вручную, но это не имело никакого значения.
Что интересно, проблема в моем случае не возникает ни на каких реальных устройствах, только на эмуляторе.
Обновление: похоже, проблема не в эмуляторе, а в конкретной версии WM. У меня такая же проблема на устройстве WM 6. На WM 5 этого не происходит.