У вас могут быть столбцы в массиве, которые определяют hidden: true, а затем просто проходят через массив столбцов и показывают / скрывают столбцы непосредственно перед экспортом следующим образом:
function excelExport(e) {
if (!exportFlag) {
for(var i=0; i < columns.length; i++) {
if(columns[i].hidden)
e.sender.showColumn(i);
}
e.preventDefault();
exportFlag = true;
setTimeout(function () {
e.sender.saveAsExcel();
});
} else {
for(var i=0; i < columns.length; i++) {
if(columns[i].hidden)
e.sender.hideColumn(i);
}
exportFlag = false;
}
}