игра в хаос для последовательностей ДНК

Я пробовал математический код для создания игры хаоса для последовательностей ДНК, размещенных в этом адрес: http://facstaff.unca.edu/mcmcclur/blog/GeneCGR.html

, который выглядит следующим образом:

genome = Import["c:\data\sequence.fasta", "Sequence"];
genome = StringReplace[ToString[genome], {"{" -> "", "}" -> ""}];
chars = StringCases[genome, "G" | "C" | "T" | "A"];
f[x_, "A"] := x/2;
f[x_, "T"] := x/2 + {1/2, 0};
f[x_, "G"] := x/2 + {1/2, 1/2};
f[x_, "C"] := x/2 + {0, 1/2};
pts = FoldList[f, {0.5, 0.5}, chars];
Graphics[{PointSize[Tiny], Point[pts]}]

имеющаяся у меня последовательность fasta - это просто последовательность букв, например AACCTTTGATCAAA , а график, который нужно сгенерировать, выглядит следующим образом:

enter image description here

код отлично работает с небольшими последовательности, но когда я хочу поместить огромную последовательность, например, почти 40 Мб хромосомы, программа занимает много времени и отображает только черный квадрат, поэтому ее невозможно проанализировать. Возможно ли это улучшить вышеупомянутый код, чтобы квадрат, в котором он будет отображаться, был больше? Кстати, квадрат должен быть только квадратной единицей. Заранее благодарим за помощь

7
задан Gilles 'SO- stop being evil' 22 October 2012 в 21:36
поделиться