& #39;Неожиданный конец файла& #39; и & #39;ошибка определения функции импорта& #39; ошибка при запуске сценария оболочки с использованием qsub

У меня есть следующий шелл-скрипт:

#!/bin/sh
cd /sw/local/bin/
export LD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
./FeatureFinderRaw -in /homes/JG-C1-18.mzML -out /homes/test_remove_after_use.featureXML -threads 20

Он отлично работает, когда я запускаю его из своего собственного командной строки, но когда я пытаюсь сделать :

qsub -q ningal.q -cwd -V -o /homes/queue.out -e /queue.err featureFind_C1-18_20t.sh 

, я получаю следующую ошибку:

/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libOpenMS.so: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/bash: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/bash: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'

Я не понимаю, почему я получаю эту ошибку при использовании qsub, а не при запуске скрипта непосредственно на той же машине кластера. Как запустить скрипт с помощью qsub?

11
задан Niek de Klein 8 May 2012 в 10:21
поделиться