Р: Какая тепловая карта/изображение для получения графика с сортировкой по строкам без какой-либо дендрограммы?
Какой пакет лучше всего подходит для тепловой карты/изображения с сортировкой только по строкам, но без отображения дендрограммы или других визуальных помех (только двухмерная цветная сетка с автоматическими именованными метками на обе оси). Мне не нужна причудливая кластеризация, кроме базовой числовой сортировки. Данные представляют собой таблицу 39x10 числовых значений в диапазоне (0,0,21), которую я хочу визуализировать.
Я искал SO (см. this) и R-сайты и попробовал несколько из них. Ознакомьтесь с R Graphical Manual, чтобы увидеть отличный список скриншотов и соответствующих пакетов с возможностью поиска.
Ассортимент пакетов сбивает с толку — какой из них является предпочтительной тепловой картой (например, ggplot2для большинства других графиков)? Вот что я пока выяснил:
- base::image— плохо, нет именных меток на осях, нет сортировки/кластеризации
- base::heatmap— варианты гораздо менее понятны, чем следующее:
- pheatmap::pheatmap— замечательно, но не может отключить дендрограммы? (какие-нибудь хаки?)
- ggplot2 люди используют geom_tile, как указывает Андри
- gplots::heatmap.2, ref- кажется чтобы его предпочитали специалисты в области биотехнологий, но для моих целей это слишком много. (нет отношение к ggplot*или Prof Wickham)
- plotrix::color2D.matplotтакже существует
base::heatmapраздражает, даже с аргументами heatmap(. .., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)он по-прежнему отображает нежелательную дендрограмму в строках.
На данный момент я используюpheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)и предварительно сортирую таблицу вручную, как этот парень: Порядок строк в тепловой карте?
Дополнение: для отображения значения внутри каждой ячейки см.: отображение матрицы, включая значения, в виде тепловой карты. Мне это было не нужно, но приятно иметь.