Создание простой филогенетической дендрограммы (дерева )из списка видов

Я хочу сделать простой филогенетическое дерево для курса морской биологии в качестве познавательного примера У меня есть список видов с таксономическим рангом:

    Group <- c("Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton",
"Zooplankton","Zooplankton","Fish","Fish","Fish","Fish","Fish","Fish","Phytoplankton","Phytoplankton","Phytoplankton","Phytoplankton")
Domain <- rep("Eukaryota", length(Group))
Kingdom <- c(rep("Animalia", 18), rep("Chromalveolata", 4))
Phylum <- c("Annelida","Annelida","Arthropoda","Arthropoda","Porifera","Sipunculida","Arthropoda","Arthropoda","Arthropoda",
"Arthropoda","Echinoidermata","Chorfata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Heterokontophyta",
"Heterokontophyta","Heterokontophyta","Dinoflagellata")
Class <- c("Polychaeta","Polychaeta","Malacostraca","Malacostraca","Demospongiae","NA","Malacostraca","Malacostraca",
"Malacostraca","Maxillopoda","Ophiuroidea","Actinopterygii","Chondrichthyes","Chondrichthyes","Chondrichthyes","Actinopterygii",
"Actinopterygii","Actinopterygii","Bacillariophyceae","Bacillariophyceae","Prymnesiophyceae","NA")
Order <- c("NA","NA","Amphipoda","Cumacea","NA","NA","Amphipoda","Decapoda","Euphausiacea","Calanioda","NA","Gadiformes",
"NA","NA","NA","NA","Gadiformes","Gadiformes","NA","NA","NA","NA")                     
Species <- c("Nephtys sp.","Nereis sp.","Gammarus sp.","Diastylis sp.","Axinella sp.","Ph. Sipunculida","Themisto abyssorum","Decapod larvae (Zoea)",
"Thysanoessa sp.","Centropages typicus","Ophiuroidea larvae","Gadus morhua eggs / larvae","Etmopterus spinax","Amblyraja radiata",
"Chimaera monstrosa","Clupea harengus","Melanogrammus aeglefinus","Gadus morhua","Thalassiosira sp.","Cylindrotheca closterium",
"Phaeocystis pouchetii","Ph. Dinoflagellata")   
dat <- data.frame(Group, Domain, Kingdom, Phylum, Class, Order, Species)
dat

Я хотел бы получить дендрограмму (кластерный анализ )и использовать Домен в качестве первой точки разреза, Киндом как второй, Phylum в качестве третьего и т. д. Пропущенные значения следует игнорировать (нет точки пересечения, вместо нее прямая линия )Группа должна использоваться в качестве цветовой категории для меток

Я немного не уверен как сделать матрицу расстояний из этого фрейма данных.Существует много пакетов филогенетических деревьев для R, кажется, им нужны данные Ньюика/ДНК/другая расширенная информация.Таким образом, помощь в этом будет оценена.

5
задан Slow loris 17 May 2016 в 05:04
поделиться