Aptana Предупреждает о сценариях и тегах ссылок, когда этого не следует делать

Я использую Aptana Studio 3, сборка: 3.1.3.201205292243 , Win7 64bit, и я заметил, что после В последнем обновлении Aptana предупреждает меня (аннотации по вертикали), что я должен «обрезать пустые» теги, но это обычные теги скрипта, связывающие внешний файл js, например:

    <!-- Replace favicon.ico & apple-touch-icon.png in the root of your domain and delete these references -->

    <link rel="shortcut icon" href="/favicon.ico" />
    <link rel="apple-touch-icon" href="/apple-touch-icon.png" />
    <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js"></script>
    <script src="js/jquery.lightbox-0.5.js"></script>
    <script src="js/flickrapi3.js"></script>
    <link rel="stylesheet" href="css/jquery.lightbox-0.5.css" />
    <link rel="stylesheet" href="css/flickrStyle.css" />

Кроме того, он также предупреждает меня об атрибуте rel внутри тег ссылки имеет «недопустимое значение», и тем не менее это значения по умолчанию, включенные в шаблон HTML5, который Aptana поставляет с выпуском.

Я зашел в «Настройки»> «Редакторы»> «Текстовые редакторы» и вижу настройки аннотаций, но не вижу, где можно исправить эти совершенно неожиданные предупреждения. Я что-то здесь совсем упустил? Это известные баги? Как исправить эту проблему?