Проблемы с установкой пакета GenomicFeatures

Извините, что так скоро вернулся с простым вопросом по установке, но моя неспособность решить его самостоятельно серьезно снижает мою производительность. Во всяком случае, я попытался установить GenomicFeatures, как это было предложено на сайте BC.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

Я получил следующие сообщения об ошибках (в дополнение к нескольким предупреждающим сообщениям):

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

Итак, какая-то проблема с зависимостями, я предполагаю, но кажется странным, что они будут автоматически установлены до GF. Я использую версию 2.15.0. Любая подсказка о том, в чем может быть проблема? Буду рад предоставить дополнительную информацию по мере необходимости. Спасибо.

6
задан mstrfrdmx 10 June 2012 в 01:21
поделиться