4
ответа
Как создать матрицу дизайна для идентификации дифференцированных метилированных областей между двумя наборами образцов? [Дубликат]
& GT; head (ICGC_2) наивный.1 памятьCS.1 наивный.2 памятьCS.2 наивный.3 памятьCS.3 cg00000029 0.6199970 0.5703951 0.6383819 0.5831206 0.7012571 0.6000816 cg00000108 0.9083578 ...
вопрос задан: 30 March 2013 21:59
2
ответа
обработка файла multiFASTA
Мне было любопытно знать, существует ли какой-либо инструмент биоинформатики, который там в состоянии обработать multiFASTA файл, дающий мне infos как количество последовательностей, длины, содержания нуклеотида/аминокислоты, и т.д. и возможно...
вопрос задан: 27 January 2016 21:04
2
ответа
R + Биопроводник: объединение проокружает в ExpressionSet
Прежде всего это может быть неправильным Форумом для этого вопроса, поскольку это довольно проклятое R+Bioconductor конкретный. Вот то, что я имею: библиотека ('GEOquery') GDS = getGEO ('GDS785') cd4T = GDS2eSet (GDS) cd4T <-...
вопрос задан: 5 May 2010 16:58
2
ответа
rpy2: Преобразование data.frame к массиву numpy
У меня есть data.frame в R. Это содержит много данных: уровни экспрессии гена от многих (125) массивы. Я хотел бы данные в Python, главным образом благодаря моей некомпетентности в R и том, что это предполагалось...
вопрос задан: 19 April 2010 17:51
1
ответ
Как применить нормализацию rma () к уникальному файлу CEL?
Я реализовал R-скрипт, который выполняет пакетную коррекцию набора данных генной экспрессии. Чтобы выполнить пакетное исправление, мне сначала нужно нормализовать данные в каждом файле CEL с помощью Affy rma () ...
вопрос задан: 12 March 2019 06:37
1
ответ
Получите все возможные перестановки последовательности ДНК с неоднозначным основанием R
Допустим, у меня есть последовательность ДНК с неоднозначным основанием, N, где N может представлять любое основание (это гибкое положение). dna.seq < - 'ATGCN' Я хочу вектор каждой возможной последовательности ДНК, которая могла бы ...
вопрос задан: 15 January 2019 18:32
0
ответов
Проблемы с установкой пакета GenomicFeatures
Извините, что так скоро возвращаюсь с простым вопросом по установке, но моя неспособность решить его самостоятельно серьезно снижает мою производительность. Как бы то ни было, я попытался установить GenomicFeatures, как было предложено...
вопрос задан: 10 June 2012 01:21
0
ответов
Подмножество сэмплов для объекта ExpressionSet
У меня есть объект ExpressionSet со 100 сэмплами:> length (sampleNames (eset1))
100 У меня также есть вектор названий 75 сэмплов (не сами данные):> length (vecOf75)
75 Как я могу подмножество ...
вопрос задан: 10 February 2012 20:03
0
ответов
Устранение ошибки «пустая модель» при перекрестной проверке для классификации SVM при использовании пакета CMA Bioconductor для R
Я использую Bioconductor пакет CMA для выполнения внутренней перекрестной проверки методом Монте-Карло (MCCV) классификаторов SVM в наборе данных микрочипа. CMA внутренне использует пакет e1071 R. для работы SVM. ...
вопрос задан: 9 February 2011 19:41