rJava не устанавливается (MacOS, Red Hat)

Я испытываю ту же проблему с rJava, что и многие другие люди в тот или иной момент. Ошибка возникает, когда R CMD INSTALLпроверяет, можно ли компилировать программы JNI.

На выходе рекомендуется запустить R CMD javareconf -edили sudo R CMD javareconf. Выход последнего — :

computer: home$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.6.0_31
Java home path   : /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path: 
JNI linker flags : -framework JavaVM
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include

Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

. И при последующей попытке установить rJava

computer: home$ R CMD INSTALL ~/Downloads/rJava_0.9-4.tar.gz 
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘rJava’...
checking for gcc... gcc -arch x86_64 -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
/* Passes all checks */
configure: checking whether gcc -arch x86_64 -std=gnu99 supports static inline...yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include'
java libs   : '-framework JavaVM'
checking whether JNI programs can be compiled... configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.

Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’

Альтернативная попытка, когда /usr/bin/javacзаменяется на /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/CurrentJDK/Home, точно так же терпит неудачу.

Я использую Mac OS 10.7.3 и

computer: home$ java -version
java version "1.6.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_31-b04-415-11M3646)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.6-b01-415, mixed mode)

Следующее находится в моем.bash_profile

export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

Кроме того, у меня такая же проблема с Red -Hat. Я надеюсь, что любое предоставленное исправление будет работать и там, но если оно не будет работать, и почему оно не будет известно, пожалуйста, объясните.

Я использую невероятную базу знаний этого сайта уже пару лет, но это мой первый пост. Заранее спасибо.

Некоторые (не все )ресурсы, которые я уже просматривал, являются

• https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html
• https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html
• R :Ошибка установки пакета rJava

Обратите внимание, что решение apt-getв последней ссылке для меня бесполезно (Я думаю ), если нет эквивалентного решения для portи/или yum.