Как я могу установить файл .ipa на симулятор iPhone

Хотя вы можете прототип на HTMLElement во многих браузерах - Internet Explorer (6,7,8) НЕ является одним из них. AFAIK, IE9 поддерживает это (хотя я его не тестировал).

Для браузеров, которые его обрабатывают, вы можете:

HTMLElement.prototype.doHello = function(thing){
  alert('Hello World from ' + thing);
};