Убедитесь, что вы отменили регистрацию обработчиков сообщений, когда они вам больше не нужны. Посланник сохраняет ссылку на зарегистрированные методы, и это мешает им собирать мусор.
Поэтому для ViewModels: убедитесь, что вы вызвали очистку после того, как вы сделали (или реализуете IDisposable и вызывают очистку оттуда).
Для представлений (элементов управления, Windows или аналогичных) вызовите Messenger.Unregister в случае, которое возникает при разрыве представления, например выгруженное событие.
Это известное поведение MVVM и обсуждалось в нескольких местах.