Я бы предположил, что лучше использовать ajax и загрузить элемент svg с другой страницы.
$('.container').load(href + ' .svg_element');
Где href - расположение страницы с помощью svg. Таким образом, вы можете избежать любых неудобных эффектов, которые могут возникнуть при замене содержимого html. Кроме того, не забудьте развернуть svg после его загрузки:
$('.svg_element').unwrap();
В руководстве пользователя DOT приведен следующий пример графика с кластерами с рёбрами между кластерами (обратите внимание на включение соединения=true):
digraph G {
compound=true;
subgraph cluster0 {
a -> b;
a -> c;
b -> d;
c -> d;
}
subgraph cluster1 {
e -> g;
e -> f;
}
b -> f [lhead=cluster1];
d -> e;
c -> g [ltail=cluster0,lhead=cluster1];
c -> e [ltail=cluster0];
d -> h;
}
и рёбра между узлами и кластерами.