Для всех, кто читает это в 2017 году, я сделал что-то подобное.
DELETE pets, pets_activities FROM pets inner join pets_activities
on pets_activities.id = pets.id WHERE pets.`order` > :order AND
pets.`pet_id` = :pet_id
Как правило, для удаления строк из нескольких таблиц приведен следующий синтаксис. Решение основано на предположении, что между двумя таблицами существует некоторая взаимосвязь.
DELETE table1, table2 FROM table1 inner join table2 on table2.id = table1.id
WHERE [conditions]