Обычно я делаю общую фильтрацию по строкам следующим образом:
criterion = lambda row: row['countries'] not in countries
not_in = df[df.apply(criterion, axis=1)]
Не заканчивал тем, что столкнулся с любыми проблемами во время миграции. Просто должен был переместить пользовательские записи в тех файлах. Шифрование пароля отличалось, но счета человечности на это при проверке пароля