Eiffel - это статически типизированный, скомпилированный, с множественным наследованием чистый ООП язык.
Вам нужно создать только один проект, но вам потребуется несколько конфигураций сборки - по одной для каждой ветви. Насколько мне известно, вы не можете настроить имя папки артефактов на диске (это число автоматически увеличивается), однако вы можете загрузить все артефакты в виде zip-файла в TeamCity 4.5 из пользовательского интерфейса. В TeamCity также входит планировщик, который позволяет очищать артефакты, чтобы они не занимали слишком много места на диске.