Я думаю, хотя должен был удостовериться Вы, как программист, знать что Ваш объект мой быть сериализированным.
Чтобы программа установки помещала записи в HKLM, установка должна быть помечена как perMachine, по умолчанию, похоже, perUser, как показано ниже.
<Package InstallScope="perMachine" InstallerVersion="200" Languages="1033" Compressed="yes" SummaryCodepage="1252" />
Как только это будет сделано, записи приходите в HKCR, а также в HKLM.
Надеюсь, кто-нибудь сочтет это полезным, у меня ушло добрых 6 часов ..