Двухфазная фиксация не является надежной и просто разработана для работы в 99% случаев времени.
"Протокол предполагает, что существует стабильное устройство хранения данных в каждом узле с журналом с упреждающей записью, что никакой узел не отказывает навсегда, что данные в журнале с упреждающей записью никогда не теряются или повреждаются в катастрофическом отказе, и что любые два узла могут связаться друг с другом".
отслеживать ваш файл конфигурации в основном каталоге проекта и помещать символическую ссылку в библиотеку подкаталог?
git add lib.conf
ln -s ../lib.conf lib/
или я что-то пропустил?
При использовании подмодуля вам следует избегать любых изменений из-за контейнера (здесь : проект, использующий библиотеку), потому что она создаст новую ревизию в истории подмодуля.
Было бы возможно, например, для библиотеки,