Можно использовать JNI, чтобы сделать это любым способом, которым Вы сделали бы это с C/C++.
Зарегистрируйте обработчик URL, а затем разместите на своем сайте ссылку myapphandle: //some.parameters.here/
А ля: http://iosdevelopertips.com/ cocoa / launching-your-own-application-via-a-custom-url-scheme.html