обработка файла multiFASTA
Таблицы имеют смысл только, когда Вы пытаетесь отобразить табличные данные и вот именно. Для разметок необходимо всегда использовать ОТДЕЛЕНИЯ и играть с расположениями CSS.
2 ответа
Некоторые инструменты тиснения представляют собой набор небольших инструментов, которые могут вам помочь.
seqstatsвозвращает длину последовательностиpepstatsдолжен предоставить вам содержание аминокислот и т. Д. . Некоторые инструменты также предлагают функции построения графиков. Очень удобно. http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/groups.html
Для подсчета количества записей fasta я использую:
grep -c '^>' mySequences.fasta .
Чтобы убедиться, что ни одна из записей не повторяется, я проверяю, получаю ли я тот же номер при выполнении этого: grep '^>' mySequences.fasta | сортировать | uniq | wc -l
Вы также можете быть заинтересованы в Fasize , который является инструментом из дерева источника , хотя это требует немного усилий (вы должны dload и compile), чем просто используя grep ... вот какой-то пример вывода:
me@my-lab ~/data $ time faSize myfile.fna
215400419 bases (104761 N's 215295658 real 215295658 upper 0 lower) in 731620 sequences in 1 files
Total size: mean 294.4 sd 138.5 min 30 (F5854LK02GG895) max 1623 (F5854LK01AHBEH) median 307
N count: mean 0.1 sd 0.4
U count: mean 294.3 sd 138.5
L count: mean 0.0 sd 0.0
%0.00 masked total, %0.00 masked real
real 0m3.710s
user 0m3.541s
sys 0m0.164s