Пакет списков латексов игнорирует последнюю пустую строку в списке

См. документацию , раздел 4.4

`showlines = (true | false) или showlines (default = false)

Если true, пакет печатает пустые строки в конце списков. В противном случае эти строки удаляются (но они учитываются при нумерации строк).

Попробуйте добавить это перед своим списком:

\lstset{
   showlines=true
}

Вы можете уйти в LaTeX из списков, назначив escape-символ следующим образом:

\lstset{numbers=left, stepnumber=1, frame=none,basicstyle = \ttfamily}
\begin{lstlisting}[escapechar=\%]
codeline1
codeline2
%
\end{lstlisting}

Получится так:

1 codeline1
2 codeline2
3

Я знаю, что это не \ lstinputlisting , но, надеюсь, он вам все равно поможет.