Это требует ковариации или контравариантности, поддержка которых ограничена в .Net и не может использоваться для абстрактных классов. Вы можете использовать дисперсию на интерфейсах, так что возможным решением вашей проблемы является создание IRepository, который вы используете вместо абстрактного класса.
public interface IRepository<out T> where T : EntityBase { //or "in" depending on the items.
}
public abstract class RepositoryBase<T> : IRepository<T> where T : EntityBase {
}
public class MyEntityRepository : RepositoryBase<MyEntity> {
}
...
IRepository<EntityBase> baseRepo = (IRepository<EntityBase>)myEntityRepo;