Возможно, что-то вроде этого, где ID - ваш ObjectId. Первый {} необходим для идентификации вашего документа. Не требуется использовать ObjectId, если у вас есть еще один уникальный идентификатор в вашей коллекции.
db.collection.update(
{ "_id": ID, "playlists._id": "58"},
{ "$push":
{"playlists.$.musics":
{
"name": "test name",
"duration": "4.00"
}
}
}
)