SVN фиксирует каталоги, как если бы они были изменены

Вы можете сделать это с помощью макроса. Сделайте это так:

Public Sub CommentSelection()
    If Not DTE.ActiveDocument.Selection.IsEmpty Then
        DTE.ActiveDocument.Selection.Text = "/* " + DTE.ActiveDocument.Selection.Text + " */"
    End If
End Sub

Привяжите его к ключу, отличному от Ctrl-K + C, вы захотите сохранить его.