Как правильно поддерживать «версию для сервера» — только с измененными файлами конфигурации, в Git?

Я иногда работаю с Codeigniter, и после того, как я закончу разработку на локальном сайте, мне нужно перенести файлы на сервер. Все файлы в папке /config/необходимо изменить, чтобы они соответствовали настройкам сервера. Неправильно делать полную фиксацию для этих изменений, я просто заставляю Git полностью игнорировать эти файлы, или есть способ отслеживать эти изменения и применять их с помощью Git в нужный момент?