как я добавляю ссылки проекта к swcs в FlashDevelop

Он может это сделать, если вы неявно или явно устанавливаете выравнивание структуры. Строка, которая выровнена 4, всегда будет кратной 4 байтам, даже если размер ее членов будет чем-то, что не кратно 4 байтам.

Также библиотека может быть скомпилирована под x86 с 32- бит, и вы можете сравнить его компоненты с 64-битным процессом, это даст вам другой результат, если вы делаете это вручную.