Рабочий каталог может быть установлен в проекте (.vcproj) файл?

Как я понял, всплывающее окно - это новое окно, и вы должны переключиться на него:

from selenium.webdriver.common.by import By
from selenium.webdriver.support.ui import WebDriverWait
from selenium.webdriver.support import expected_conditions as EC

#...
other_url = 'http://somewebsite.com/something/exportToExcelChoice.asp?qt=1&qa=0&ben=1&tpt=0&gl=1&cl=CAESFFHIILNI'

wait = WebDriverWait(browser, 10)

#handles = driver.window_handles
browser.get(other_url)
#wait.until(EC.new_window_is_opened(handles))
#driver.switch_to.window(driver.window_handles[-1])

links = wait.until(EC.visibility_of_all_elements_located((By.TAG_NAME,"a")))
for link in links:
    link.click()