lapply(all_vars_ready_2016, table, exclude = NULL)
... аргумент позволяет Вам указывать дополнительные аргументы функций
Поскольку вы переустановили Windows, возможно, права доступа для ваших папок настроены неправильно, поэтому неизвестный SID является владельцем или имеет разрешение на чтение / запись, но не ваша учетная запись пользователя.
Возможно, проверьте права доступа к файлам ваших локальных файлов SVN и убедитесь, что ваш текущий пользователь / ваш процесс TortoiseSVN имеет необходимые права доступа для изменения этих файлов.