Мне кажется, что, если я включаю прокси-сервер в TortoiseSVN затем, чистая командная строка svn клиент также запускает работу через прокси-сервер.
Это корректно?
Если да - где TortoiseSVN хранит эту установку?
Здесь хранятся настройки в зависимости от вашей ОС:
Файл сервера создается при установке TortoiseSVN, Eclipse или командной строки Subversion. Используйте соответствующий путь из установочной папки, чтобы настроить параметры прокси: