Решение на стороне сервера для преобразования PDF в SWF?

Вы пробовали SWFTOOLS? В Debian / Unbuntu:

sudo apt-get install swftools
pdf2swf filename.pdf

http://wiki.swftools.org/index.php/Examples#pdf2swf У них есть версия для Windows и исходный код, поэтому вы можете скомпилировать его для других версий Linux.