0
ответов
Perl - ошибка при попытке доступа к массиву, хранящемуся как хеш-значение
Я сталкиваюсь с проблемой с небольшой частью большего сценария. Я пытаюсь сохранить имена файлов в массиве в качестве значения хэша, чтобы иметь возможность перечислить их все позже. Ниже находится цикл в ...
вопрос задан: 26 February 2015 03:27
0
ответов
Есть ли функция, которая может подсчитывать оценку для выровненных последовательностей с учетом параметров выравнивания?
Я пытаюсь оценить уже выровненные последовательности.
Допустим, seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT - SHVVY ---------- TI-QLASTFE'
seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT - LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' с подстановкой заданных параметров ...
вопрос задан: 6 September 2014 07:05
0
ответов
Где я могу загрузить данные об экспрессии генов?
Я хотел загрузить данные об экспрессии генов, полученные в результате экспериментов с микрочипами. я не слишком много знаю об этом предмете, но, насколько я понимаю, строки часто соответствуют генам, а столбцы...
вопрос задан: 24 November 2013 07:32
0
ответов
C ++ - Вывести все возможные кмеры ДНК заданной длины
«Кмер» - это последовательность ДНК длиной K. Допустимая последовательность ДНК (для моих целей) может содержать только 4 следующие базы: A, C, T, G. Я ищу алгоритм C ++, который просто выводит все возможные ...
вопрос задан: 22 October 2012 21:37
0
ответов
Как построить генный граф для последовательности ДНК, скажем, ATGCCGCTGCGC?
Мне нужно сгенерировать случайное блуждание на основе последовательности ДНК вируса, учитывая его последовательность пар оснований из 2 тыс. Пар оснований. Последовательность выглядит как «ATGCGTCGTAACGT». Путь должен повернуть направо для A, ...
вопрос задан: 22 October 2012 21:32
0
ответов
Объединение последовательности символов
У меня есть проблема, и мне нужен алгоритм для ее решения. Я не смог найти и не знаю, проблема в NP -Hard. Проблема в том, что :у меня есть несколько последовательностей символов. Я хочу объединить их в...
вопрос задан: 25 July 2012 20:13
0
ответов
Как исправить ошибку ImportError :Нет модуля с именем win32api? (переменная пути win32api)
Я новичок в программировании и компьютерном мире. Я пытаюсь изучить биомолекулярные симуляции с помощью MMTK. Я запускаю его в Windows 7, и у меня уже установлено это программное обеспечение :python -2.5.4. numpy -1.6.2 -win32 -...
вопрос задан: 23 July 2012 21:48
0
ответов
Структуры данных для биоинформатики [закрыто]
Какие структуры данных должны быть известны кому-либо занимается биоинформатикой? Я предполагаю, что каждый должен знать о списках, хешах, сбалансированных деревьях и т. Д., Но я ожидаю, что там ...
вопрос задан: 22 June 2012 08:33
0
ответов
Подсветка синтаксиса Emacs для вложенных регулярных выражений
Я пытаюсь написать основной режим Emacs для работы с данными биологических последовательностей (т.е. ДНК и пептидов ), и я хотите реализовать подсветку синтаксиса, когда разные буквы окрашены по-разному....
вопрос задан: 29 April 2012 00:21
0
ответов
Рекурсивные генераторы в Python
Я написал функцию, возвращающую генератор, содержащий каждую уникальную комбинацию вложенных-строк заданной длины, содержащих более n элементов из первичной строки. В качестве иллюстрации:, если у меня есть '...
вопрос задан: 22 April 2012 02:27
0
ответов
Как бы вы создали и прошли хэш хэшей (глубины n), при этом значения на глубине n были бы целыми числами?
Я хочу хранить последовательности ДНК размера n в описанной структуре данных. Каждый хэш может содержать ключи C, G, A, T, которые будут иметь хеш-значения. Эти хеш-значения будут точно такими же хэшами — ...
вопрос задан: 20 March 2012 16:30
0
ответов
Визуализация структуры белка
Меня попросили поработать над визуализацией структуры белка, что-то вроде RasMol где пользователь откроет файл pdb, чтобы получить структуру белка. Как я могу сгенерировать структуру белка из ...
вопрос задан: 25 February 2012 00:41
0
ответов
Эффективно хранимый словарь. Существует ли эта структура данных и как она называется?
Мне нужна структура данных, в которой хранится множество фрагментов низкоэнтропийных данных, часто похожих друг на друга. Я хочу эффективно хранить их (как-то сжимать) и извлекать их по индексу или ...
вопрос задан: 18 February 2012 00:14
0
ответов
Алгоритм в помощь! Быстрый алгоритм поиска строки с ее партнером
Я ищу быстрый алгоритм для поиска в огромной строке (это последовательность генома организма, состоящая из сотен миллионов и миллиардов символов). Всего 4 символа {A, C, G, T} ...
вопрос задан: 10 January 2012 22:56
0
ответов
Объяснение алгоритма FASTA
Я пытаюсь понять основные шаги алгоритма FASTA при поиске похожих последовательностей последовательности запросов в базе данных. Это шаги алгоритма: Определить общие k-слова между I ...
вопрос задан: 5 December 2011 20:56
0
ответов
нахождение частых строковых шаблонов с использованием python
Итак, я пытаюсь решить эту проблему там, где мне нужно найти самая частая 6-буквенная строка в некоторых строках в python, поэтому я понимаю, что можно сделать что-то вроде этого: >>> from collections ...
вопрос задан: 26 November 2011 19:48
0
ответов
Как исключить центры затрат в таверсах строк и составлении списков
I ' m реализует алгоритм поиска мотивов из области биоинформатики с помощью Haskell. Я не буду вдаваться в подробности алгоритма, кроме как сказать, что это поиск по ветвям и привязкам медианной строки. Я ...
вопрос задан: 10 October 2011 13:24
0
ответов
Python - Итерация по вложенным спискам
Со вчерашнего дня я застрял на небольшой, но сложной проблеме. У меня есть (возможно, бесконечно) вложенный список вроде этого: [1, [2, [3,4]]] или [[1,2], [3,4]] и так далее. На каждом уровне списки состоят из ...
вопрос задан: 27 July 2011 12:12
0
ответов
Могу ли я использовать алгоритм K-средних для строки?
Я работаю над проектом Python, в котором изучаю РНК эволюция структуры (представлена в виде строки, например: «(((...)))», где круглые скобки представляют пары оснований). Дело в том, что у меня есть ...
вопрос задан: 9 June 2011 13:36
0
ответов
Вопрос по базе данных генов NCBI
Я пытаюсь найти файл gene_info с имена генов и хромосомное расположение. Однако я не могу найти его на FTP-сайте NCBI. Может ли кто-нибудь дать мне указатель?
вопрос задан: 27 May 2011 06:34
0
ответов
График категориальных данных с использованием R
У меня есть список названий белков (P1, P2, ..., Pn), и они разделены на три разных уровня экспрессии Высокий (H ), средний (M) и низкий (L) при измерении в трех экспериментальных условиях (Exp1, Exp2 и Exp3) ...
вопрос задан: 24 April 2011 15:44
0
ответов
Perl: Удаление дубликатов из большого набора данных
Я использую Perl для создания списка уникальных экзонов (которые являются единицами генов). Я создал файл в этом формате (с сотнями тысяч строк): chr1 1000 2000 gene1 chr1 3000 4000 ...
вопрос задан: 18 April 2011 21:01
0
ответов
Проверка ДНК на C / C ++
Я перебираю последовательности ДНК, извлекая фрагменты по 5-15 оснований в C ++ std :: строковые объекты. Иногда моя строка будет содержать базу, отличную от ATCG, и я хочу предпринять действия, когда это ...
вопрос задан: 3 April 2011 17:48
0
ответов
митоз человеческой клетки
Я программирую генетические процессы на java для своего проекта и хочу смоделировать митоз человеческой клетки. Клетка человека содержит 23 пары хромосом. Митоз - это в основном клеточное деление, или ...
вопрос задан: 19 March 2011 00:16
0
ответов
Эффективные методы буферизации и сканирования больших файлов на Python
Описание проблема, с которой я столкнулся, немного сложна, и я сделаю ошибку, предоставив более полную информацию. Для нетерпеливых вот самый краткий способ резюмировать это: ...
вопрос задан: 11 March 2011 14:06
0
ответов
Как анализировать файл, создавать записи и выполнять манипуляции с записями, включая частоту терминов и вычисление расстояний
Я изучаю вводный курс Perl и ищу предложения и отзывы о моем подходе к написанию небольшого ( но хитрость) программа, анализирующая данные об атомах. Мой профессор поощряет форумы. Я ...
вопрос задан: 4 December 2010 17:15
0
ответов
Почему python не может найти некоторые модули, когда я запускаю сценарии CGI из Интернета?
Я понятия не имею, в чем может быть проблема: У меня есть несколько модулей из Biopython, которые я могу легко импортировать, используя интерактивную подсказку или выполняя скрипты Python через командную строку. The ...
вопрос задан: 24 September 2010 02:42
0
ответов
“средняя длина последовательностей в файле фесты”: можно ли улучшить этот код Erlang?
Я пытаюсь получить среднюю продолжительность использования последовательностей фесты Erlang. Файл фесты похож на это> title1 ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC ATCGATCGCATCGATGCTACGATCGATCATATA...
вопрос задан: 21 July 2010 08:07